У дисертації представлено теоретичне узагальнення і нове рішення наукової проблеми моделювання наукової діяльності ВНЗ, виявлено її особливості як комплексної діяльності, що містить професійно-галузеву, професійно-педагогічну та загальнонаукову складові. Обґрунтовано методологічні засади та принципи моделювання наукової діяльності ВНЗ та доцільність її розгляду як педагогічної системи, що описується комплексом моделей методологічного, теоретичного та прикладного рівнів на основі системного, синергетичного, матричного, фрактального, інформаційного, особистісного, діагностичного та прогностичного підходів. У готовності до наукової діяльності виокремлено професійно-особистісний та професійно-діяльнісний компоненти та виділено три блоки готовності працівників до наукової діяльності. Сформульовано концептуачьні засади математичного моделювання наукової діяльності ВНЗ та створено методику розрахунку коефіцієнтів, які характеризують кількість та якість наукової продукції. Для опису результатів наукової діяльності ВНЗ розроблено метод різницевих матриць та запропонована узагальнена функція, виявлено можливості застосування методу характеристичних функцій та логістичних кривих. Експериментально досліджено співвідношення між якісними та кількісними показниками наукової діяльності працівників ВНЗ. На прикладному рівні створено та апробовано науковий електронний портал серверного типу "Наука 2".